Консультативно диагностический центр

• Отделение комплексного медицинского обслуживания
• Консультативное отделение
• Отделение вакцинопрофилактики детей с отклонениями в состоянии здоровья и семейной вакцинации
• Стоматологическое отделение

Дневной стационар

• Отделение амбулаторной хирургии
• Отделение восстановительного лечения детей с болезнями ЛОР-органов и челюстно-лицевой области
• Отделение стационарозамещающих технологий (ОСЗТ)

Круглосуточный стационар

• Приемно-диагностическое отделение (боксированное)
• Ревматологическое отделение
• Пульмонологическое отделение
• Гастроэнтерологическое отделение с гепатологической группой
• Кардиологическое отделение
• Отделение патологии новорожденных и детей раннего детского возраста
• Отделение патологии раннего детского возраста
• Отделение реанимации и интенсивной терапии новорожденных и детей грудного возраста

Отделения восстановительной медицины

• Отделение лечебной физкультуры
• Физиотерапевтическое отделение

Научные подразделения

• Отделение неотложной детской хирургии и травм детского возраста
• Лаборатория питания здорового и больного ребенка
• Лаборатория экспериментальной иммунологии и вирусологии