Научные подразделения являются структурными отделениями ФГАУ «НМИЦ здоровья детей» Минздрава России, предназначенными для выполнения диагностических, лечебных и реабилитационных мероприятий инновационного характера. Обеспечивая диагностический процесс на самом современном уровне, сотрудники этих отделений и лабораторий создают необходимый научный продукт — новые способы распознавания особенностей патологического процесса у детей разных возрастных групп и обоснованные методы коррекции различных форм патологии на основе современных материалов и технологий.
Именно в этих подразделениях Центра осуществляется генерация идей как постоянный систематический поиск возможностей создания нового метода диагностики или лечения, которые затем оформляются в Центре как патенты на изобретения РФ и непосредственно используются в диагностической и исследовательской работе сотрудников клиник и лабораторий.
Научные подразделения Центра в современных условиях основное внимание уделяют двум основополагающим принципам: непрерывности инноваций и неизменному стремлению к совершенству диагностики и лечения детей.